Na czterech nadziemnych i dwóch podziemnych kondygnacjach znajdują się: sale wystawowe (samonośne schody znajdują się w sali wystaw czasowych), audytorium (na 460 osób), biblioteka, sale spotkań, centra edukacyjne i warsztatowe oraz sala projekcyjna (na 160 osób). Układ sal i wystaw jest tak rozplanowany, by prowadzić zwiedzającego przez historię współistnienia obu narodów. Przestrzenie wypełnią multimedialne ekspozycje, angażujące widza – rozplanowanie poszczególnych części obiektu ma sprzyjać nie tylko „przeprowadzaniu” zwiedzających przez historię, ale też wchodzeniu z nią w dialog. Fot. Muzeum Historii Żydów Polskich, Marek Łoś, Rafał Grunt, Joanna Król